Năm 1986, Trường Phổ thông cơ sở Thị trấn Yên Định được thành lập gồm 2 bộ phận: Cấp I và cấp II do thầy Nguyễn Xuân Bách làm Hiệu trưởng và thầy Nguyễn Văn Thuận làm Hiệu phó phụ trách cấp I từ năm 1986 đến năm 1988.

Năm học 1993 – 1994 bộ phận cấp I được tách ra khỏi trường Phổ thông cơ sở Thị trấn Yên Định gọi là Tiểu học Yên Định do thầy Lã Ngọc Tiếp làm Hiệu trưởng (từ 1993 đến 1997)

Từ năm 1998 đến năm 2008, Hiệu trưởng là thầy Nguyễn Tài Tuấn.

Năm học 1998 – 1999 trường chuyển đến địa điểm mới. Giai đoạn này, nhà trường gặp muôn vàn khó khăn về cơ sở vật chất, phòng học là các nhà xưởng được sửa chữa lại không đúng quy chuẩn, thiếu thốn mọi bề. Khắc phục mọi khó khăn, thầy và trò nhà trường vẫn vươn lên dạy tốt, học tốt để khẳng định vị thế của mình. Trường luôn dẫn đầu toàn huyện về chất lượng đại trà và các đội tuyển học sinh giỏi.

Năm học 2000 – 2001, Trường được công nhận Trường đạt chuẩn quốc gia mức độ I giai đoạn 1996 – 2000.

Từ năm 2008 đến năm 2017, Hiệu trưởng là cô giáo Trần Thị Loan.

Tháng 09/2010, Trường chuyển về Khu 6 – Thị trấn Yên Định với ngôi trường ba tầng khang trang, sạch đẹp.

Từ khi thành lập đến nay các thế hệ thầy và trò nhà trường luôn phấn đấu hết mình vươn lên dạy tốt, học tốt. Nhiều năm qua nhà trường luôn đứng ở vị trí tốp đầu của Huyện và liên tục đạt danh hiệu trường Tiên tiến và Tập thể lao động Xuất sắc cùng nhiều Bằng khen, Giấy khen.